Primer Sentezi

Goldgen olarak, primer sentezinde dünyada altın standart olarak kabul edilen  katı faz sentez yöntemini kullanmaktayız.

110 nükleotide kadar uzunluktaki DNA primerlerinizi yüksek kalite ile kısa sürede sentezliyor ve yapacağınız çalışmaya göre  ister standart saflaştırma, ister OPC, isterseniz de HPLC saflaştırma ile saflaştırarak size ulaştırıyoruz. 50 nmol, 100 nmol ve 200 nmol skala primer üretim seçeneklerimizle uygulamanıza göre farklı miktarlarda oligonükleotid üretebiliyoruz.

İsteğinize göre primerlerinize farklı boyalar ve modifikasyonlar ekleyebiliyoruz.

Arzuya göre “dejenere primer sentezi” ve İyon Değişim (IE)-HPLC sınıf arıtma hizmeti de sunuyoruz.

Genel Bilgi

Oligonükleotidler, kısa tek sarmallı DNA dizileridir. Oligonükleotitler (primerler), PCR gibi birçok moleküler ve genetik işlemde kullanıldıkları gibi bir DNA zincirindeki baz dizilerini belirlemek ve DNA’daki mutasyonları tanımlamak için de kullanılabilirler.

Goldgen olarak moleküler biyoloji çalışmalarında kullanılabilecek uygun maliyetli ve yüksek kaliteli nükleotid dizileri sentezliyoruz. Ürettiğimiz primerler kalite kontrol testine tabi tutulmaktadır. Oligonükleotid sentezi için altın standart olarak kabul edilen katı faz sentez yöntemi kullanılmaktaır. Oligonükleotid sentez prosesi, fosforamidit monomerleri tetrazol katalizi kullanılarak bloklar halinde sentezlenmesi esasına dayanır. Fosforamidit monomerlerinin yanlış bağlanmalarını veya gereksiz yere birden çok bağlanmalarını engellemek için bu monomerlerin hidroksil, amin ve fosfat gibi reaktif grupları üzerinde tritil benzeri koruyucu gruplar bulunmaktadır.

Fosforamidit oligo sentezi 3′ ucundan 5′ yönüne doğru ilerler . Her sentez döngüsü için bir nükleotit eklenir. Her bir nükleotid ekleme işleminde 4 basamak bulunmaktadır.Bu basamaklar sırasıyla deprotection(koruyucu grupların kaldırılması),coupling(grupların bağlanması),capping(koruyucu grup eklenme)  ve stabilizasyon şeklindedir.

Modifiye  veya floresan işaretli oligolarda bazı moleküller, sentezleme aşamasında eklenebildiği gibi bazı durumlarda sentez sonrası ek kimyasal reaksiyonlarla da eklenebilir.

Primer saflaştırma teknikleri:

Çalışmanız için en uygun saflaştırma yöntemini seçmenize yardımcı olmak üzere tasarladığımız bu bölümde standart saflaştırma, OPC ve HPLC saflaştırma seçeneklerimiz bulunmaktadır. Oligo sentezi sırasında, her nükleotit büyüyen zincire ardarda eklenir. Her bir döngüde, nükleotitler oligo zincirlerinin küçük bir kısmına eklenemez. Bu, hem tam uzunlukta hem de kısa dizilerin bir karışımının üretilmesi ile sonuçlanır. Oligo sentezi sırasında destek ve koruma gruplarının koparılması, saflaştırma ile uzaklaştırılan kalıntı ürünler ile sonuçlanır. Oligonükleotid sentezinin  kimyası gereği her döngünün bağlanma verimliliği tam olmadığından reaksiyon döngülerinin verimi %100 değildir. Saflaştırma sırasında da bir miktar ürün kaybı olacağı için sentez sonrası elde edilen miktar istenilen skalanın yarısı oranındadır.

 Tuzdan Arındırma (Desalting)

Goldgen tarafından üretilen oligonükleotitler tuzdan arındırma yöntemi ile saflaştırılmaktadır. Tuzdan arındırma işlemi, sentez sırasında üretilen yan ürünleri ve kalıntıları temizlemek için kullanılır. Bu yöntem, 35 baza kadar olan oligolar ve PZR uygulamaları için yararlıdır.

 OPC

OPC yöntemi ile sentez sırasında oluşan yanlış diziler, yan ürünler ve safsızlıklar giderilir. Bu yöntemle, elde edilen primerler dizileme, PZR, hibridizasyon probları ve gen sentezi için kullanılabilir. OPC saflaştırması, 70 baz uzunluğa kadar olan oligonükleotidler için önerilir.

 HPLC Reverse-phase

HPLC  tekniği, istenen uzunluktaki ve daha kısa dizilerdeki ürünler arasındaki hidrofobisite farklılıklarına dayanmaktadır.Florofor kullanılan  Oligoların saflaştırılması altın standart olarak kabul edilen HPLC yöntemi ile yapılmaktadır. Floroforların lipofilik özelliği sentezden sonra safsızlıkların giderilmesi için mükemmel bir ortam oluşturur. Ayrıca, RP-HPLC büyük ölçekli sentezler için tercih edilen bir yöntemdir.

Sentez, Teslimat ve Saklama Koşulları

SAKLAMA KOŞULLARI SICAKLIK MAKSİMUM DEPOLAMA SÜRESİ
Liyofilize -20 °C < 1 yıl
Liyofilize Oda sıcaklığı ≤ 1 ay
Çözünmüş -20 °C < 6 ay
Çözünmüş  Oda sıcaklığı ≤ 1 hafta

Saflaştırma seçenekleri arasında standart saflaştırma, OPC (RP-HPLC seviyesi) ve IO-HPLC bulunmaktadır.

Her oligonükleotid için standart tuzdan arındırma (küçük moleküllü safsızlıkların giderilmesi) uygulanabilmektedir. Talep edilmesi halinde, Ankara içindeki siparişler için, 100 µM normalize stok solüsyonu halinde soğuk zincir yoluyla teslim edilebilir.

Kurutma işlemi öncesi, OD ve A260 değerleri hesaplanır ve stok çözeltisi üretmek için eklenecek gerekli TE veya H2O miktarı belirlenerek, bu bilgi, ürün tesliminde rapor olarak teslim edilir.

Liyofilize primerler oda sıcaklığında saklanabilir.Çözünmüş primerler -20 °C’de saklanmalıdır. Uzun süreli depolama için TE Buffer ile çözmeniz ve donma-çözülme döngülerinden kaçınmanız tavsiye edilmektedir. Optimal sonuçlar için seyreltilmiş çözeltilerin küçük hacimli parçalar halinde saklanması en optimal sonuçları sağlayacaktır.

Sipariş Bilgileri

  • Pazartesi, Çarşamba ve Perşembe günleri sentez yapılmaktadır.

  • 40 bazdan kısa ve 50 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 10:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.

  • 40 bazdan kısa ve 100 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Pazartesi ve Çarşamba günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.

  • 40 bazdan uzun ve 200 nmol ölçeğindeki oligo siparişlerinin Perşembe günleri saat 16:00’a kadar verilmesi halinde, siparişler ertesi gün saat 16:00’da hazır olacaktır.

  • Siparişler, alındıkları sırayla üretilir. Sentez kapasitesi o gün dolmuşsa, siparişiniz bir sonraki senteze eklenecektir.

  • 40 veya daha fazla oligo için siparişler toplu sipariş olarak kabul edilir. Teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçin.

  • OPC ile saflaştırılan oligonükleotidler, sentezden iki gün sonra teslim edilecektir.

  • 40 bazdan uzun oligonükleotidler uzun oligolar olarak kabul edilir. Teslim süresi için lütfen bizimle iletişime geçin.

Sipariş vermek için lütfen formu doldurup info@goldgen.com.tr adresine e-posta ile gönderiniz.